Zunächst ist die Anorexia nervosa von dem Symptom Anorexie abzugrenzen, das bei verschiedenen Erkrankungen auftreten kann.

Dann muss die Anorexia nervosa vor allem von anderen Essstörungen unterschieden werden. Hierbei ist die Bulimia nervosa von besonderer Bedeutung. Im Gegensatz zu bulimischen Patienten weisen Anorektiker beider Subtypen einen erheblichen, manchmal lebensbedrohlichen Gewichtsverlust auf, auch wenn die Anorexia nervosa vom Purging-Typus ähnliche Verhaltensweisen beinhaltet.

Die genaue Abgrenzung verschiedener Essstörungen voneinander ist nur im therapeutischen Kontext, im Rahmen einer aktuellen Therapie und deren momentaner Ziele sinnvoll, da oft beobachtet wird, dass Patienten während ihrer Entwicklung verschiedene Formen aufweisen. Oft findet man in der Vorgeschichte von Bulimikern eine Episode von Anorexia nervosa. Manchmal kommt es auch vor, dass Personen, die unter Adipositas litten, eine Anorexia nervosa oder Bulimie entwickeln oder umgekehrt.

Affektive Störungen wie Depressionen oder bipolare Störungen können auch zu erheblicher Gewichtsreduktion führen. Die Betroffenen weisen jedoch keine verzerrte Körperwahrnehmung auf.

Physiologische Störungen können ebenso zu Gewichtsverlust führen, beispielsweise ein Hirntumor oder Stoffwechselerkrankungen wie die Hyperthyreose.

Die Magersucht ist auch abzugrenzen von Fällen, bei denen Menschen freiwillig in den Hungerstreik treten, etwa in Gefängnissen oder als Form des politischen Widerstandes.