Die Magersucht ist eine schwere, unter Umständen tödliche, körperliche Erkrankung. Die körperlichen Folgen werden hauptsächlich durch das extreme Untergewicht verursacht.

• Herz: verlangsamter Herzschlag, niedriger Blutdruck, EKG-Veränderungen (besonders: verlängertes QT-Intervall) und Herzrhythmusstörungen.
• Blut: Störungen der Elektrolyte (besonders gefährlich: Hypokaliämie), Hypoglykämie, verminderte Anzahl an Leukozyten und Thrombozyten
• Hormone: niedrige Konzentrationen von Geschlechtshormonen (LH, FSH, Östrogen), dadurch: Amenorrhoe, Unfruchtbarkeit, verringerte Libido, evtl. fehlendes Wachstum der Brust. Niedrige Konzentration von Schilddrüsenhormonen. Leicht erhöhte Konzentration von Glukokortikoiden.
• Knochen: Osteoporose mit erhöhtem Risiko einer Fraktur
• (falls häufiges Erbrechen) Zähne: Erosionen durch Magensäure, Karies

Die Patienten haben eine erhöhte Kälteempfindlichkeit, auch ihre Körpertemperatur kann erniedrigt sein. Weitere Symptome sind Schwindelgefühle und Ohnmachtsanfälle. Des Weiteren kann es zu einer Hauttrockenheit und zur Ausbildung einer Lanugobehaarung an Rücken, Armen und Gesicht kommen.
Bei einem Krankheitsbeginn vor der Pubertät kann es zu einem Stopp des Größenwachstums und zu einer fehlenden Entwicklung der weiblichen Brust kommen. Zu einer Amenorrhoe kommt es nur, wenn die Patientinnen keine Anti-Baby-Pille nehmen.

Etwa 10 % der Erkrankten sterben – entweder durch Komplikationen wie dem plötzlichen Herztod oder Infektionen, oder aber durch Suizid. Ein Teil der überlebenden Patienten leidet zeitlebens an chronischen Zuständen wie Osteoporose oder Niereninsuffizienz.